清灰系統是脈沖袋式除塵器的核心，也是除塵技術的關鍵所在，清灰系統的設計是否合理決定著除塵器設計的成敗，有些除塵器就是由于清灰系統設計的不合理而導致除塵器使用效果不好。脈沖清灰是目前流行的清灰方式，是各種清灰方式中過濾風速高的，尤其是脈沖離線清灰由于可以防止粉塵的二次污染，其清灰效果更好。如果除塵器處理風量較大，從經濟、結構等各方面考慮能劃分成多個單元濾袋室時，則宜采用離線清灰。一般脈沖式除塵器的清灰系統由壓縮空氣系統、氣包、噴吹管、脈沖閥和控制系統等組成，其運行效果在很大程度上取決于脈沖閥及其控制系統。脈沖閥和控制系統主要擔負著清灰系統的清灰作用，維持著除塵器長期穩定的運行。
1、脈沖閥
目前大型脈沖式除塵器使用的脈沖閥均為低壓脈沖閥，它是在直角閥廣泛使用的基礎上，為了適應氣源壓力較低的場合滿足清灰要求而研制開發的，它直接安裝在氣包（分氣箱）上，故稱為淹沒式閥（也稱嵌入式閥，低壓閥），具有良好的流通特性。氣流經過閥門時的壓力損失很小。在氣源壓力較低的情況下能提供理想的清灰振動氣流，適用于各種濾袋（圓袋、扁袋、異形袋、金屬纖維袋）、濾筒、陶瓷管和塑燒板等過濾元件的清灰。脈沖閥規格的選取與脈沖閥噴吹一次的耗氣量、一只脈沖閥所承擔的噴吹面積、噴吹的周期有關。
2、控制系統
目前，清灰控制系統主要采用定壓差清灰，清灰周期可用設置在各單元過濾室或除塵器進出風口的差壓變送器控制，實現單室或整臺除塵器逐室循環的自動清灰。目前，大型脈沖式除塵器脈沖噴吹控制儀普遍采用可編程序ＰＬＣ控制器。隨著過濾過程的不斷進行，濾袋外表面粉塵增多使除塵器阻力升高，當阻力升高到設定值時，控制儀發出信號，關閉某一單元濾袋室的提升閥，隨即脈沖系統向該室各組濾袋依次噴射壓縮空氣，使吸附于濾袋外表面的粉塵脫離濾袋落入灰斗。當前，清灰控制系統也有采用定時清灰，先依據經驗將清灰周期設定在某一值，隨著過濾的進行，根據濾袋表面吸附粉塵的多少靈活調整清灰周期。