脈沖袋式除塵器的初期運行指的是使用后兩個月之內的運行，在這個階段內除塵器是容易出現問題的，所以，只有及時的發現問題并合理的解決，才能使除塵器達到穩定運行的目的。
1、控制風量
為了穩定除塵布袋壓力損失，除塵器運行初期往往采用大幅度提高風量的 方法，讓氣體順利的通過布袋。這時如果風機的電機過載，可利用總閥門調節風量。因為這個情況快則幾分鐘，慢則好幾天才能達到正常的狀態。所以在開始調節風量時好觀察壓力計，也可以從控制盤上電流表的讀數推算出相應的風量值。
2、溫度調節
通常除塵器處理常溫氣體不成問題，但是處理高溫、高濕氣體，尤其是初始運行時，若不預熱除塵布袋則容易打濕、網眼會嚴重的堵塞，甚至無法運行。此外，除塵布袋若不充分干燥，往往會出現結露現象。準確預測除塵器的露點是困難的，因此注意由于結露造成的布袋網眼堵塞和除塵器機殼內表面的腐蝕問題。
3、壓縮空氣壓力調整
氣動閥控制的反吹風袋除塵器和脈沖噴吹袋除塵器，都是以壓縮空氣為動力完成清灰過程。所以說，只有把壓縮空氣的壓力和氣量調整到設計值時，才能確保除塵器正常啟動和運轉。
4、除塵效率
除塵布袋上形成一層粉塵吸附層后其除塵效率應當更好，但由于初期處理風量增加，除塵器處于不穩定狀態，因而測定除塵效率好從運行若干天或一個月以后進行為好。在除塵器穩定狀態下，顆粒很細的低濃度粉塵的除塵效率一般在95%以上。
5、粉塵的排出
收集在灰斗的粉塵，既可以自動排出也可以人工排出，但按規定的順序排出。運行初期，經常一天至數天都不排灰，一直達到除塵器的大容塵量為止，這時按順序排出。粉塵排出的周期不準確，除塵器就不能形成穩定的運行狀態。因此，可利用測定除塵器效率得到的數據，通過計算決定應該處理的粉塵的周期和數量，但這有待于生產實踐予以確認或修正。
6、除塵布袋吊具的調整
除塵器使用1~2個月后布袋會松弛、伸長，一方面相鄰的布袋容易相互接觸而磨破，另一方面布袋松弛部分由于粉塵堆積和摩擦而產生孔洞。另外，由于拉力消失，使清灰效果變差而產生布袋網眼的堵塞。因此，除塵器安裝1~2個月后應進行檢查并對布袋吊具工作長度進行調整。雖然彈簧式布袋吊掛機構不需要調整，但也應經常檢查，必要時更換不合適的彈簧。
7、氣體溫度的控制
氣體溫度的急劇變化會引起風機轉速的變化，形成運行不平衡狀態而引起振動。而且在停止運行時若溫度急劇下降，再啟動時也會產生振動。因此，應盡可能地穩定氣體溫度。