旁路保護就是在脈沖袋式除塵器的進出口煙道上設計旁路閥門。當煙溫大過除塵布袋所能承受的溫度范圍時，或者除塵布袋壓差大于設定值而又降不下來時，旁路閥門自動打開，除塵器的進出口閥門關閉，煙氣直接經過引風機排到煙囪，旁路閥有內置式和外置式兩種。內置式旁路閥是在經過布袋除塵器本體的進出口煙道上設置的，結構緊湊。
這種旁路閥保護措施雖然能對布袋除塵器起到有效的保護，但是，煙氣是未經過除塵而直接到引風機的，對引風機的磨損很厲害；而且直接排放也是不允許的。因此，這種保護措施只能在煙溫超限的時候起到瞬間的保護作用，然后鍋爐應盡快停運。在歐美，澳大利亞一些環保要求很嚴的我國是不允許采納的。
如果采取這種旁路保護措施的話，旁路閥的嚴密是非常重要的。因為只要旁路閥有一點點泄露的話，不需要多長時間，旁路閥的密封面會嚴重吹損，泄露明顯增加，排放超標，吸風機嚴重磨損而損壞。內置式的旁路閥在溫度有變化的煙氣中要達到長期嚴密不漏是很困難的。國外為解決泄露問題，設計制造了雙百葉窗式的擋板門。這種擋板閥有兩層百葉，在兩層百葉之間一直充低壓壓縮空氣，并始終加熱使得雙百葉窗式的擋板閥不漏煙氣。